Jan Perner (7. 9. 1815 – 10. 9. 1845) – český projektant a stavitel železničních tratí. Hlavní inženýr při výstavbě parní dráhy mezi Olomoucí a Prahou.

Jan Perner pocházel ze starobylého rodu polabských mlynářů a ve mlýně v obci Bratčice u Čáslavi se také narodil (mlýn na místě dodnes stojí). Původně měl následovat tradici svých předků, Jana to ale táhlo k moderní technice, a tak po studiu na Týnské hlavní škole, k nelibosti rodičů, pokračoval na pražském technickém učilišti. Zajímavostí je, že zakladatelem a ředitelem školy byl František Josef Gerstner, pod jehož synem Františkem Antonínem Perner později pracoval na výstavbě železné dráhy v Rusku (1836, trať Petrohrad – Carské Selo). Ještě před odjezdem na východ spolu s dalšími mladými inženýry podnikl studijní cestu do Anglie a Belgie. Po předčasném odchodu z Ruska, kde se stejně jako další pracovníci neshodl s autoritářským Gerstnerem, nastoupil od 1. června 1837 na stavbu Severní dráhy císaře Ferdinanda.

Do léta 1839 se podílel na výstavbě úseku z Břeclavi do Brna. Poté se osvědčil při projekčních pracích části dráhy mezi Ostravou a Osvětimí.

Od roku 1840 pracoval Perner pod vedením konstruktéra mostů Aloise Negrelliho, který si mladého a talentovaného inženýra oblíbil. Možná také proto, že v předstihu dokázal odhadnout a vypočítat, která trasa budoucí železnice bude ve všech směrech nejvýhodnější.

V roce 1842 se Perner stal vrchním inženýrem státní dráhy a převzal vedení trasovacího oddílu. Na trase mezi Vídní a Prahou prosazoval variantu dráhy, která povede přes Olomouc a dále Polabím. Jeho projekt v konkurenci dalších šesti zvítězil a stavba, do níž se následně zapojily tisíce dělníků, mohla začít. Když 20. srpna 1846 v 6:20 ráno vyrazil z Olomouckého nádraží vlak tažený lokomotivou s názvem Čechy a řízený Janem Pernerem, byla to událost celonárodního významu.

Sám Perner byl považován za velkého vlastence a zajímal se o české divadlo i literaturu a byl činným v Jednotě ku povzbuzení průmyslu v Čechách.

Jan Perner zemřel na následky zranění, které si způsobil 9. září právě při cestě vlakem. Po výjezdu z choceňského tunelu sestoupil na schůdky vagonu, zřejmě aby si prohlédnul portál tunelu a vzápětí byl zasažen sloupem u nádražních vjezdových vrat. Zranění podlehl druhý den.

Jméno Jana Pernera dnes nese Dopravní fakulta univerzity v Pardubicích a připomíná ho také jeden z expresů Český drah, který byl po něm pojmenován.